Η Ιστορική Συλλογή περιλαμβάνει νομίσματα, όπλα, όπως πιστόλες, τουφέκια και κρητικά μαχαίρια. Επίσης επαναστατικές σημαίες και χαρτογραφικές αποτυπώσεις της Κρήτης, τεκμήρια από την Οθωμανική παρουσία στο νησί, από την εποχή της Αυτονομίας και τη Ρώσικη παρουσία στο Ρέθυμνο, μέχρι τον Βενιζέλο και την ένωση της Κρήτης με τη Ελλάδα. Ακόμα περιλαμβάνει τεκμήρια Κρητών από τον Α΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, τον Μακεδονικό Αγώνα, καθώς και τη Μάχη της Κρήτης και τη Γερμανική κατοχή.
Νομίσματα
H Νομισματική Συλλογή περιλαμβάνει νομίσματα Aρχαία Eλληνικά, Ρωμαϊκά, Bυζαντινά, Bενετοκρατίας, Nεότερα Eλληνικά αλλά και κοπές ξένων κρατών των νεότερων χρόνων. Καλύπτει ένα ευρύ χρονικό φάσμα είκοσι τεσσάρων αιώνων, από τον 4ο αι. π.Χ. μέχρι τον 20ό αι. μ.Χ.
