Η Ιστορική Συλλογή περιλαμβάνει νομίσματα, όπλα, όπως πιστόλες, τουφέκια και κρητικά μαχαίρια. Επίσης επαναστατικές σημαίες και χαρτογραφικές αποτυπώσεις της Κρήτης, τεκμήρια από την Οθωμανική παρουσία στο νησί, από την εποχή της Αυτονομίας και τη Ρώσικη παρουσία στο Ρέθυμνο, μέχρι τον Βενιζέλο και την ένωση της Κρήτης με τη Ελλάδα. Ακόμα περιλαμβάνει τεκμήρια Κρητών από τον Α΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, τον Μακεδονικό Αγώνα, καθώς και τη Μάχη της Κρήτης και τη Γερμανική κατοχή.
Απαγωγή Κράιπε – Πάτρικ Λη Φέρμορ
Ο Πάτρικ Λη Φέρμορ (1915-2011), φιλέλληνας Άγγλος ταξιδιωτικός συγγραφέας, λόγιος και στρατιώτης, χαρακτηριζόταν από τη βαθιά του καλλιέργεια, τον περιπετειώδη χαρακτήρα και το ριψοκίνδυνο πνεύμα του, το θάρρος και την γενναιοψυχία του.
Επειδή γνώριζε την Ελληνική γλώσσα τοποθετήθηκε ως σύνδεσμος αξιωματικός στον Ελληνικό στρατό, στην Αλβανία. Με την κατάρρευση του ελληνικού μετώπου βρέθηκε στην Κρήτη. Εκεί μεταμφιεσμένος σε βοσκό και με το όνομα Μιχάλης ή Φιλεντέμ, πολέμησε με τους Κρητικούς αντάρτες τον Γερμανό κατακτητή στα Κρητικά βουνά. Τον Απρίλιο του 1944 ηγήθηκε της επιχείρησης απαγωγής του Γερμανού Διοικητή Κρήτης, Στρατηγού Χάινριχ Κράϊπε. Με μιά ομάδα Κρητικών και Άγγλων, μεταξύ των οποίων ο Στάνλεϊ Μος, απήγαγαν από το Ηράκλειο τον Γερμανό διοικητή μαζί με το αυτοκίνητό του, το οποίο εγκατέλειψαν σε μία παραλία του Ρεθύμνου, για να ανέβουν με τα πόδια στα Ανώγεια και από κει, μετά από περιπετειώδη και επικίνδυνη πορεία να φτάσουν στο Ροδάκινο, από όπου ο Κράϊπε μεταφέρθηκε στο Κάϊρο.
Ο Φέρμορ αφαίρεσε από το αυτοκίνητο μάρκας ΟPEL τα μεταλλικά σημαιάκια- διακριτικά του Γερμανού διοικητή, τα οποία σύμφωνα με την επιθυμία του βρήκαν θέση στο Ιστορικό και Λαογραφικό Μουσείο Ρεθύμνης.
