Η Ιστορική Συλλογή περιλαμβάνει νομίσματα, όπλα, όπως πιστόλες, τουφέκια και κρητικά μαχαίρια. Επίσης επαναστατικές σημαίες και χαρτογραφικές αποτυπώσεις της Κρήτης, τεκμήρια από την Οθωμανική παρουσία στο νησί, από την εποχή της Αυτονομίας και τη Ρώσικη παρουσία στο Ρέθυμνο, μέχρι τον Βενιζέλο και την ένωση της Κρήτης με τη Ελλάδα. Ακόμα περιλαμβάνει τεκμήρια Κρητών από τον Α΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, τον Μακεδονικό Αγώνα, καθώς και τη Μάχη της Κρήτης και τη Γερμανική κατοχή.
Κρήτες στους απελευθερωτικούς αγώνες Μακεδονίας, Ηπείρου, Θεσσαλίας, Νήσων
Με την ανακήρυξη της Αυτονομίας (1898) έληξε ουσιαστικά η περίοδος της Τουρκοκρατίας στην Κρήτη.
Πολλοί Κρήτες οπλαρχηγοί που είχαν ριζωμένη στην ψυχή τους την αγάπη της εθνικής ιδέας, σχημάτισαν εθελοντικά σώματα και προσέτρεξαν στον αγώνα του Μακεδονικού Ελληνισμού (1903-1908), στον οποίον και πρωτοστάτησαν. Ανέπτυξαν αξιοθαύμαστη δράση και συνέδεσαν το όνομά τους με την υπεράσπιση της Μακεδονίας. Με την ίδια ορμή και αυτοθυσία πολέμησαν αργότερα για την απελευθέρωση της Ηπείρου, της Θεσσαλίας και των Νήσων. Πήραν επίσης μέρος στους Βαλκανικούς Πολέμους καθώς και στην Μικρασιατική Εκστρατεία του 1919 -1922.
