Η Ιστορική Συλλογή περιλαμβάνει νομίσματα, όπλα, όπως πιστόλες, τουφέκια και κρητικά μαχαίρια. Επίσης επαναστατικές σημαίες και χαρτογραφικές αποτυπώσεις της Κρήτης, τεκμήρια από την Οθωμανική παρουσία στο νησί, από την εποχή της Αυτονομίας και τη Ρώσικη παρουσία στο Ρέθυμνο, μέχρι τον Βενιζέλο και την ένωση της Κρήτης με τη Ελλάδα. Ακόμα περιλαμβάνει τεκμήρια Κρητών από τον Α΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, τον Μακεδονικό Αγώνα, καθώς και τη Μάχη της Κρήτης και τη Γερμανική κατοχή.
Αυτονομία
Η άφιξη του Πρίγκηπα Γεωργίου ως Ύπατου Αρμοστή τον Δεκέμβριο του 1898 εγκαινίασε την περίοδο της Κρητικής Αυτονομίας, υπό την υψηλή επικυριαρχία της Πύλης και την Ευρωπαϊκή προστασία.
Οι 4 Μεγάλες Δυνάμεις έθεσαν το νησί υπό την υψηλή προστασίας τους κατά διαμερίσματα: οι Ιταλοί στα Χανιά, οι Ρώσοι στο Ρέθυμνο, οι Άγγλοι στο Ηράκλειο και οι Γάλλοι στο Λασίθι. Η Ρωσική προστασία στο Ρέθυμνο συνδυάστηκε με μία περίοδο κοινωνικής και οικονομικής ανασυγκρότησης. Η οριστική αποχώρηση των ξένων δυνάμεων έγινε το 1909 και η πολυπόθητη Ένωση με την Ελλάδα πραγματοποιήθηκε την 1η Δεκεμβρίου 1913.
