Η Ιστορική Συλλογή περιλαμβάνει νομίσματα, όπλα, όπως πιστόλες, τουφέκια και κρητικά μαχαίρια. Επίσης επαναστατικές σημαίες και χαρτογραφικές αποτυπώσεις της Κρήτης, τεκμήρια από την Οθωμανική παρουσία στο νησί, από την εποχή της Αυτονομίας και τη Ρώσικη παρουσία στο Ρέθυμνο, μέχρι τον Βενιζέλο και την ένωση της Κρήτης με τη Ελλάδα. Ακόμα περιλαμβάνει τεκμήρια Κρητών από τον Α΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, τον Μακεδονικό Αγώνα, καθώς και τη Μάχη της Κρήτης και τη Γερμανική κατοχή.
Αρκάδι
Το “ΕΛΕΥΘΕΡΙΑ Ή ΘΑΝΑΤΟΣ” έγινε πράξη με την ανατίναξη της Μονής Αρκαδίου την 8η Νοεμβρίου 1866.
Η αυτοθυσία των Κρητών ανδρών και γυναικών που εθελοντικά κλείστηκαν στη Μονή για να μην πέσουν στα χέρια των Τούρκων, συγκλόνισε ολόκληρο τον κόσμο. Πολλοί φιλέλληνες κινήθηκαν υπέρ των Κρητών γράφοντας στον ξένο τύπο και στέλνοντας στη Μεγαλόνησο υλικά και πολεμοφόδια.
