Η Ιστορική Συλλογή περιλαμβάνει νομίσματα, όπλα, όπως πιστόλες, τουφέκια και κρητικά μαχαίρια. Επίσης επαναστατικές σημαίες και χαρτογραφικές αποτυπώσεις της Κρήτης, τεκμήρια από την Οθωμανική παρουσία στο νησί, από την εποχή της Αυτονομίας και τη Ρώσικη παρουσία στο Ρέθυμνο, μέχρι τον Βενιζέλο και την ένωση της Κρήτης με τη Ελλάδα. Ακόμα περιλαμβάνει τεκμήρια Κρητών από τον Α΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, τον Μακεδονικό Αγώνα, καθώς και τη Μάχη της Κρήτης και τη Γερμανική κατοχή.
Χαρτογραφικές αποτυπώσεις της Κρήτης (13ος-18ος αι.)
To χαρτογραφικό φαινόμενο Κρήτη είναι μοναδικό στον Ελληνικό χώρο. Καμιά άλλη περιοχή δεν εικονογραφείται με τόσους χάρτες και τοπογραφικά σχέδια από το 16ο έως και τον 18ο αι.
Η παράκτια Βενετική αυτοκρατορία διατήρησε την εξουσία επί του “Βασιλείου της Κρήτης” γνωρίζοντας με κάθε λεπτομέρεια τα εδάφη του για οικονομικούς, διοικητικούς, αλλά κυρίως για αμυντικούς λόγους. Αγωνίστηκε με νύχια και με δόντια να το κρατήσει διαφημίζοντας τη σπουδαιότητα του στους ίδιους τους πολίτες της Δημοκρατίας πρώτα και έπειτα στην υπόλοιπη Ευρώπη. Η εικοσιπενταετής πολιορκία του Χάνδακα -η μεγαλύτερη στην ιστορία της ανθρωπότητας- αποδεικνύει την αγωνία της Γαληνοτάτης Δημοκρατίας πολύ καλά. Το ίδιο και τα αμέτρητα, στην κυριολεξία, τοπογραφικά σχέδια και οι αποτυπώσεις των ακτών και των νησίδων, των σημαντικών πόλεων και των περασμάτων, ορεινών και θαλάσσιων, που μας κληροδότησαν οι μηχανικοί της Γαληνοτάτης Δημοκρατίας.
