Η Ιστορική Συλλογή περιλαμβάνει νομίσματα, όπλα, όπως πιστόλες, τουφέκια και κρητικά μαχαίρια. Επίσης επαναστατικές σημαίες και χαρτογραφικές αποτυπώσεις της Κρήτης, τεκμήρια από την Οθωμανική παρουσία στο νησί, από την εποχή της Αυτονομίας και τη Ρώσικη παρουσία στο Ρέθυμνο, μέχρι τον Βενιζέλο και την ένωση της Κρήτης με τη Ελλάδα. Ακόμα περιλαμβάνει τεκμήρια Κρητών από τον Α΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, τον Μακεδονικό Αγώνα, καθώς και τη Μάχη της Κρήτης και τη Γερμανική κατοχή.
Οθωμανική παρουσία
Τον 19ο αι. η Κρήτη βρίσκεται σε συνεχείς εξεγέρσεις, επαναστάσεις και βιαιοπραγίες. Η περίοδος 1821-1898 χαρακτηρίζεται από τις μεγάλες επαναστάσεις που οδήγησαν τον ανυποχώρητο αγώνα των Κρητών για την ελευθερία στην Αυτονομία του νησιού. Ο Τούρκικος στρατός αποχώρησε το 1898.
